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세균이 유기물질에 작용하여 물질을 변화시키는 것으로 발효와 부패가 있다. 부패는 유기물질을 세균이 저분자 구조로 분해하여 무기물질의 상태로 만든 것을 말한다. 모든 유기물질은 땅에서 왔다가 땅으로 돌아가므로 원래의 무기물질 상태가 되었다는 것은 곧 죽음을 의미한다. 반면 발효는 유기물질을 세균과 바이러스가 저분자 구조로 분해하되 유기물질의 상태가 유지되는 것을 말한다. 이때 유기물질에 유일하게 두 가지 발효 촉매제가 가미되는데, 그것은 소금과 설탕이다. 물론 식초와 술도 발효 촉매제이나, 그것은 염장 발효와 당화 발효를 통해 얻어진 2차 촉매제다.
사람의 관점에서 보면 발효는 세균이 사람에게 이로운 작용을 한 것처럼 보이고, 부패는 세균이 사람에게 해로운 작용을 한 것처럼 보인다. 하지만 자연생태계의 관점에서 보면 모두가 세균의 이로운 작용이다. 다른 점이 있다면 발효는 세균이 고분자 유기물질을 저분자 유기물질로 분해하여 인체가 영양분을 소화 흡수할 수 있게 도와주고, 발효 과정에서 영양분을 생성하여 인체에 생명력을 더해 준 것뿐이다. 반면 부패는 세균이 고분자 유기물질을 저분자 무기물질로 분해하여 토양에 영양분을 공급해 주고, 부패시키는 과정에서 영양분을 생성하여 토양에 생명력을 더해 준 것뿐이다. 따라서 발효 세균은 좋고, 부패 세균은 나쁜 것도 아니다. 또 착한 세균이 있고, 악마 세균이 있는 것도 아니다. 모두가 생명을 순환시키는 자연생태계의 소중한 일원일 뿐이다. 또한 사람을 비롯한 지구상의 모든 생명체는 땅의 영양분을 직접 또는 간접 섭취하는 것이므로 부패 역시 세균의 고마운 작용이다. 혹자는 식중독균이란 나쁜 세균이 있기 때문에 건강한 사람에게서도 식중독이 생긴다고 하지만, 이것은 유기물질을 섭취해야 할 인간이 세균에 의해 무기물질로 변질 과정에 있는 음식을 섭취했기 때문이지 식중독균 때문에 생긴 게 아니다.
이런 사실은 학교 등 단체급식에서 발생한 집단 식중독 사고를 보면 그대로 드러난다. 즉, 학교 등 단체급식에서 집단 식중독 사고가 발생했을 때 대대적인 역학조사에도 불구하고 세균과 바이러스의 감염 경로를 밝히지 못하고 흐지부지 끝난다. 이것은 보건당국이 세균과 바이러스가 범인이라는 결론을 내려놓고 세균과 바이러스를 찾기에만 초점을 맞추었기 때문이다. 학교 급식의 경우 직영 급식보다 위탁 급식에서 식중독 사고 비율이 5배가량 높다. 이것은 식자재 납품 업체가 원가를 줄이기 위해 무공해 신선 식품보다는 햄 ㆍ 소시지 ㆍ 통조림 등 화학 가공식품과 화학 방부제로 처리했을 가능성이 큰 수입식품을 사용했기 때문이다. 결과적으로 식중독은 세균과 바이러스 때문에 생긴 게 아니라 무기물질로 변질된 식품과 화학물질에 오염된 식품을 섭취했기 때문에 생기는 것이다.
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